Музей ведет историю с 12 августа 1972 года, когда на улице Ивана Черных в доме 23, был открыт историко-революционный общественный музей.
18 мая 1984 года учреждению было присвоено почетное звание Народного музея.
23 июля 1990 года музей получил статус государственного историко-краеведческого.
В 2007 года открылась новая музейная экспозиция в правом крыле усадебного дома княгини Е.Р. Дашковой.
В настоящее время музей «Нарвская застава» является хранителем уникального историко-культурного наследия района.
В ходе научных исследований сотрудников музея открываются все новые и новые материалы по истории местности. Важной частью научной работы музея является проведение научно-практических конференций, участие в городских и международных конференциях, издание книг и статей, посвященных истории местности и выдающимся деятелям Нарвской заставы, подготовка к публикациям воспоминаний жителей Кировского района.
Музей участвует в культурно-массовых мероприятиях различного уровня, всероссийских и общегородских: «Открытый город», «Ночь музеев», Всероссийский фестиваль «Интермузей», конкурс «Музейный Олимп», фестиваль «Детские дни в Петербурге», городской конкурс для школьных и семейных команд «Большая регата», проект «Музейная радуга».